Аниме и Манга «Шаман кинг» начинаются одинаково и до 25 эпизода аниме повторяет основную сюжетную линию манги. Различия незначительные, в основном за счёт отсутствия в аниме сюжетных линий, введения дополнительных персонажей и частичной американизации персонажей (имена, привычки). После 25 эпизода привязка к манге постепенно уходит. В аниме появляется альтернативная версия развития сюжета.

Сильно отличаются персонажи, их имена, способности, группировка в составе команд и количество самих команд. Также есть существенные различия правилах турнира и в главной сюжетной линии.

Ещё одним отличием всего аниме-сериала «Шаман Кинг» от манги является отсутствие в нём жестоких сцен. В манге достаточно много персонажей умирают или серьёзно калечатся, в аниме этого не показано.

Считается, что Такэи отказался рисовать продолжение манги, так как был очень недоволен экранизацией в виде аниме. Таким образом на настоящий момент аниме представляет собой завершённый проект, а манга является незаконченной.