Официально Токио является не городом, а одной из префектур, точнее, столичным округом (都 то), единственным в этом классе. Его территория, помимо части острова Хонсю, включает в себя несколько мелких островов к югу от него, а также острова Идзу и Огасавара. Округ Токио состоит из 62-х административных единиц — городов, посёлков и сельских общин. Когда говорят «город Токио», обычно имеют в виду входящие в столичный округ 23 специальных района, которые с 1889 по 1943 составляли административную единицу город Токио, а ныне сами приравнены по статусу к городам; у каждого есть свой мэр и городской совет.

Столичное правительство возглавляет всенародно избираемый губернатор. Штаб-квартира правительства находится в Синдзюку, который является муниципальным центром округа. В Токио также находится государственное правительство и главный императорский дворец.